Mereka juga mempertanyakan keabsahan sumber DNA yang digunakan, mengingat kemungkinan data yang diperoleh peneliti BRIN berasal dari segmen DNA inti mitokondria, bukan dari segmen DNA mitokondria yang secara khusus mengidentifikasi spesies harimau.
Selain itu, para peneliti mencatat kekurangan serta kelalaian dalam kontrol mutu yang memungkinkan kemungkinan terjadinya kontaminasi silang dalam proses analisis.
Meskipun klaim BRIN telah dipertanyakan oleh peneliti internasional, masih ada keyakinan kuat di kalangan beberapa peneliti dan masyarakat Indonesia bahwa Harimau Jawa mungkin masih hidup dan belum benar-benar punah.